版权使用费的违约金计算通常是根据合同中约定的具体条款来执行的。一般来说，违约金的计算可能会涉及以下几个方面：
违约程度：根据实际违约的情况，判断违约的严重程度。如果是轻微的违约，可能会按照合同约定的一定比例计算违约金，如果是严重的违约，可能会按照合同约定的固定金额计算违约金，甚至可能会采取法律途径进行索赔。
合同约定：合同中一般会对违约金的计算方式进行具体规定，可能是一个固定的金额，也可能是按照一定比例计算，或者是根据实际损失进行计算。管理者需要仔细阅读合同条款，了解双方在违约情况下应承担的责任和支付的违约金数额。
法律法规：在一些情况下，违约金的计算可能会受到当地法律法规的，管理者需要了解当地相关法律法规对于违约金计算的规定，以便合规操作。
在实际操作中，管理者如果需要计算违约金，首先要详细了解合同约定的违约金条款，然后根据实际情况进行计算。如果有争议，可以寻求法律意见或者与对方进行协商解决。另外，在签订合同时，建议在违约金条款方面注明得更加清晰明确，以避免日后产生争议。
案例分析：某公司与供应商签订合同约定，在特定日期前需要支付货款，逾期支付将按每天1%的比例计算违约金。公司由于资金问题，未能按时支付货款，导致违约。根据合同约定，供应商可以按照每天1%的比例计算违约金，公司需要承担相应的违约责任。
综上所述，违约金的计算需要依据合同约定和实际情况来进行，管理者需要仔细了解合同条款，遵守相关法律法规，并在合同签订时谨慎考虑违约金条款的设置。