长期借款筹资的主要缺点如下：
1、财务风险较大。因为财务杠杆的作用，在息税前利润减少时，会使税后利润以更大的幅度减少；另外借款会增加企业还本付息的压力；
2、条款较多。银行长期借款都有很多的条款，这些条款可能会企业的经营活动，包括筹资活动和投资活动；
3、筹资数量有限。银行一般不愿进行巨额的长期贷款；另外，当企业财务状况不好时，借款利率会很高，甚至根本不可能得到贷款。
长期借款合同的保护性条款如下：
1、对借款企业流动资金保持量的规定，其目的在于保持借款企业资金的流动性和偿债能力；
2、对支付现金股利和再购入股票的，其目的在于现金外流；
3、对净经营性长期资产总投资规模的，其目的在于减小企业日后不得不变卖固定资产以偿还贷款的可能性，仍着眼于保持借款企业资金的流动性；
4、其他长期债务，其目的在于防止其他贷款人取得对企业资产的优先求偿权；
5、借款企业定期向银行提交财务报表，其目的在于及时掌握企业的财务情况；
6、不准在正常情况下出售较多资产，以保持企业正常的生产经营能力。
法律依据：《中华人民共和国民法典》第六百八十条
禁止高利放贷，借款的利率不得违反国家有关规定。借款合同对支付利息没有约定的，视为没有利息。借款合同对支付利息约定不明确，当事人不能达成补充协议的，按照当地或者当事人的交易方式、交易习惯、市场利率等因素确定利息；自然人之间借款的，视为没有利息。