博茨瓦纳大部分地区属热带草原气候，西部为沙漠、半沙漠气候。年平均气温21°C。一年分旱、雨两季，雨季炎热，旱季干冷，昼夜温差大。10月至次年4月为雨季（湿热季），5月至9月为旱季（干冷季）。
1月最热，白天平均气温33°C，最高可达43°C，夜间平均气温18°C。 7月最冷，平均最高气温22°C，最低5°C，夜间最低可到0°C以下。 年平均降雨量457毫米，大部分地区干旱少雨。