非法运输危险物质罪立案标准的规定：
1、因其非法运输危险物质的行为致人重伤或死亡的；
2、给公共财产造成10万元以上直接经济损失的；
3、存在非法运输50克以上毒鼠强、氟乙酰胺、氟乙酸钠、毒鼠硅、甘氟原粉、原液、制剂，或2千克以上饵料等危害公共安全情形的。
【法律依据】
《最高人民、关于机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（一）》第二条
非法制造、买卖、运输、储存毒害性、放射性、传染病病原体等物质，危害公共安全，涉嫌下列情形之一的，应予立案追诉：
（一）造成人员重伤或者死亡的；
（二）造成直接经济损失十万元以上的；
（三）非法制造、买卖、运输、储存毒鼠强、氟乙酰胺、氟乙酸钠、毒鼠硅、甘氟原粉、原液、制剂五十克以上，或者饵料二千克以上的；
（四）造成急性中毒、放射性疾病或者造成传染病流行、暴发的；
（五）造成严重环境污染的；
（六）造成毒害性、放射性、传染病病原体等危险物质丢失、被盗、被抢或者被他人利用进行违法犯罪活动的；
（七）其他危害公共安全的情形。