法律分析：一、擅自发行股票、公司、企业债券罪有哪些惩罚
1、擅自发行股票、公司、企业债券罪的惩罚如下：自然人犯此罪的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处非法募集资金金额百分之一以上百分之五以下罚金;单位犯此罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，处五年以下有期徒刑或者拘役。
2、法律依据：
《中华人民共和国刑法》第一百七十九条未经国家有关主管部门批准，擅自发行股票或者公司、企业债券，数额巨大、后果严重或者有其他严重情节的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处非法募集资金金额百分之一以上百分之五以下罚金。单位犯前款罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，处五年以下有期徒刑或者拘役。
二、擅自发行股票、公司、企业债券罪
本罪所侵犯的客体是国家的证券发行管理秩序及其社会公众、法人的合法财产权益。凡不具备公司资格者无权发行股票和公司、企业债券;其次，即便是公司、企业要发行股票、债券，也须经由证券管理部门批准。基于此，凡未经国家有关主管部门批准，(擅自发行股票、公司、企业债券者，其行为显然侵犯了我国证券管理秩序和认购人包括法人的合法财产权益，情节严重者构成本罪。
法律依据：《中华人民共和国刑法》第一百七十九条未经国家有关主管部门批准，擅自发行股票或者公司、企业债券，数额巨大、后果严重或者有其他严重情节的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处非法募集资金金额百分之一以上百分之五以下罚金。单位犯前款罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，处五年以下有期徒刑或者拘役。