社保和农村合作医疗保险的区别如下：
1、参保对象不同：
（1）农村合作医疗保险的参保对象是农村户口居民；
（2）社保参保对象为在职职工或城镇居民。
2、保障期限不同：
（1）农村合作医疗保险是交一年保一年；
（2）社保中的医疗险是要求持续缴纳最少15年才可以享受终身医保待遇。
3、报销比例不同：
（1）农村合作医疗保险报销比例较低；
（2）而社保中的医疗保险报销比例较高。
4、个人医保账户不同：
（1）农村合作医疗保险是没有个人医保账户的；
（2）社保中的医疗保险有个人医保账户。
5、适用范围不同：
（1）社保中的医保，可以用于药店买药、住院治疗报销等；
（2）新农合目前在多个城市只有住院才能报销，少部分城市看病就诊也可以报销。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》第四条
中华人民共和国境内的用人单位和个人依法缴纳社会保险费，有权查询缴费记录、个益记录，要求社会保险经办机构提供社会保险咨询等相关服务。
个人依法享受社会保险待遇，有权监督本单位为其缴费情况。