运费纠纷可以通过仲裁机构申请仲裁、也可起诉到人民。运费纠纷不属于劳动关系,亦不属于劳动人事争议仲裁受理范围,双方运费纠纷属于民事经济纠纷。如果通过协商调解不能解决争议,那么当事人任何一方均可按照书面的仲裁协议,向有管辖权的仲裁机构申请仲裁;没有书面仲裁协议的,则可以提起民事诉讼。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国民法典》
第八百一十一条承运人应当在约定期限或者合理期限内将旅客、货物安全运输到约定地点。
第八百一十三条旅客、托运人或者收货人应当支付票款或者运输费用。承运人未按照约定路线或者通常路线运输增加票款或者运输费用的，旅客、托运人或者收货人可以拒绝支付增加部分的票款或者运输费用。
《中华人民共和国民事诉讼法》第三条人民受理公民之间、法人之间、其他组织之间以及他们相互之间因财产关系和人身关系提起的民事诉讼，适用本法的规定。