合同纠纷的证据保留的办法：当事人应当存留双方的合同原件、约定纳入合同内容的有关资料、向对方发送的告知或通知书等材料。且前述材料一般需要提交原件。
【法律依据】
《中华人民共和国民事诉讼法》第六十三条
证据包括：
（一）当事人的陈述；
（二）书证；
（三）物证；
（四）视听资料；
（五）电子数据；
（六）证人证言；
（七）鉴定意见；
（八）勘验笔录。
证据必须查证属实，才能作为认定事实的根据。
第七十条
书证应当提交原件。物证应当提交原物。提交原件或者原物确有困难的，可以提交复制品、照片、副本、节录本。
提交外文书证，必须附有中文译本。