一、补发工资的个人所得税应该怎么扣除？
根据有关规定,调资后补发以前数月的工资,可以分推到所属月份,与原来的月工资合并计算应缴个人所得税,扣除已缴纳的个人所得税,即为应该补缴的税款。
补发工资，应按照工资、薪金所得项目计征个人所得税。工资、薪金所得应纳的税款，按月计征，即，纳税人月初第一日至月末最后一日，取得的工资、薪金所得，减除费用5000后，依法计征个人所得税。
二、个人所得税起征点
个人所得税起征点是5000元，即个人的工资薪金所得、个体工商户生产所得、红利所得等应纳税所得在五千元以上的，才需要征收个人所得税。个人所得税起征点与免征额不是一个概念，所谓免征额是在征税对象总额中免予征税的数额。假设数字为2000元，你当月工资是2001元，如果是免征额，2000元就免了，只就超出的1元钱缴税，如果是起征点，则是不够2000元的不用交税，超出2000元的全额缴税，即以2001元为基数缴税。
三、个人所得税计算标准
应纳税所得额=月度收入-5000元(免征额)-专项扣除(三险一金等)-专项附加扣除-依法确定的其他扣除。
工资税=应纳税所得额×工资税税率
专项附加扣除的项目有：子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息、住房租金、赡养老人
个人所得税税率标准：
1、工资范围在1-5000元之间的，包括5000元，适用个人所得税税率为0%;
2、工资范围在5000-8000元之间的，包括8000元，适用个人所得税税率为3%;
3、工资范围在8000-17000元之间的，包括17000元，适用个人所得税税率为10%;
4、工资范围在17000-30000元之间的，包括30000元，适用个人所得税税率为20%;
5、工资范围在30000-40000元之间的，包括40000元，适用个人所得税税率为25%;
6、工资范围在40000-60000元之间的，包括60000元，适用个人所得税税率为30%;
7、工资范围在60000-85000元之间的，包括85000元，适用个人所得税税率为35%;
8、工资范围在85000元以上的，适用个人所得税税率为45%。