MEGA蛋⽩序列⽐对-保守序列分析-进化树
蛋⽩质序列进化（protein sequence phylogenetic}，⼀种⽤于测定各种⽣物之间遗传关系的技术。#百度百科#⼀般通过蛋⽩质的氨基酸序列进⾏⽐对后建树，⽅法过程如下：
⾸先由NCBI或其他查询基因途径获取要⽐对的⽬的蛋⽩氨基酸序列（⽹站上有很多此类说明）我的由于序列较多，就先把氨基酸序列复制到⽂本⽂件中
之后将序列⽂本⽂件扩展名改为.fas
之后打开MEGA软件进⾏序列⽐对，选择Align---Edit/Build/Alignment---Retrieve sequence from a file---选择⽂件---确定，输出结果默认以最右端蛋氨酸对齐，如图
在建树之前序列应该以保守序列⽐对模式进⾏，选择Alignment---Align by ClustalW，以输出以保守序列⽐对结果，如图
保存序列⽐对⽂件，默认格式为*.mas格式，并选择phylogeny---construct/Test UPGMA Tree进⾏建树，步骤如图
选择蛋⽩序列
之后就会输出树，如下
之后可以根据不同要求更改树形，选择下图按钮进⾏输出设置并输出环形树
之后可以保存到指定⽂件，同时也可以将树以pdf格式导出，选择image---Save as pdf file或者png file